三年前太空飞船猎户号坠毁学园都会，由此引发了严重的惨剧，而该事件也促成宇宙电梯恩底弥翁（Endymion）的建设。在恩底弥翁接近完工的前夕，上条当麻（阿部敦 配音）和茵蒂克丝（井口裕香 配音）揭示了酷爱歌唱的少女鸣护亚丽莎。心怀梦想的亚丽莎经过不断的修业和努力，终于获得了试镜的机会，并有可能在恩底弥翁落成的庆贺活动中演唱。这一晚，当麻、茵蒂克丝和亚丽莎在夜归程中遭到史提尔带领的魔法师们的进击。而学园都会秩序保持部队的介入，无疑标志着魔法侧和科学侧全面战争即将爆发。亚丽莎的体内究竟隐蔽着怎样的力量和机密……　　本片根据镰池和马（创作）、灰村清孝（插画）的轻小说改编。