杰森·伯恩事件引起连锁反响，踏脚石（Treadstone）筹划以及CIA用药物控制强化间谍的行径通过报纸公之于众，令其幕后人物坐立不安。为了阻拦满盘皆输的局面出现，CIA高层决定中止该筹划，并将相关间谍人员以及科学家从行动中扼杀。在此后的日子里，那些深藏在国家政治最底层、依附蓝绿药丸履行各种绝密任务的间谍相继殒命，而负责染脏双手的履行人——前美国空军上校艾瑞克·贝尔（爱德华·诺顿 Edward Norton 饰），正慢慢将屠刀伸向隐蔽在位于阿拉斯加崇山峻岭、暴雪深山中的间谍艾伦·克劳斯（杰瑞米·雷纳 Jeremy Renner 饰）。　　突如其来的炮火袭击令艾伦意识到自己所处的危险境地，在之后的日子里，他不仅要在往日同伴的追杀中求生，还必须设法找到那曾为他提供源源不断体能和智力的蓝绿药丸……