南宋年间,通古县前任县令为了一己私利,利用“河神”为幌子暗中掳掠儿童,百姓惶惶不安,在其蛊惑下纷纷信赖用孩童祭奠“河神”能够平息灾祸。宋慈受命来到通古,向百姓一再申明祭奠河神纯属无稽之谈,并保证必定会查出事情真相,他的到来使得老县令感到到了威逼。在老县令的授意下,其党羽对宋慈阳奉阴违,并暗中施以压迫,妄图神不知鬼不觉的将宋慈了结。在一波接一波的危险降临在宋慈身上时,孩童还在不断失踪,这使得老百姓对宋慈失去了信赖,逼宋慈赶紧祭河神。宋慈顶着多方的压力,抽丝剥茧地调查,利用自己高超的法医学手腕让尸体“开口说话”,逐渐锁定了真凶,并发现了背后的巨大阴谋。最终,宋慈不惜以性命相搏将真凶绳之以法。