《沉默》改编自有名日本作家远藤周作的同名小说。故事发生在德川幕府时代禁教令下长崎邻近的小村庄，一个葡萄牙耶稣会的教士偷渡到日本传教，并调查恩师因遭受「穴吊」酷刑而宣誓弃教一事，因为这事在当时欧洲人的眼中，不只是个人的挫折，同时也是全部欧洲信仰、思想的耻辱和失败。在传教与寻访的过程中，信仰与反叛、圣洁与背德、强权与卑微、受难与恐怖、坚贞与隐忍、挣扎与超脱……所有的两难情境都面对了，强迫着他对基督的信仰进行更深层且更现实的思考，最终，他似乎也走过一趟恩师的心路过程，拥有自己对信仰的诠释与实践。