“闇之书事件”（参照魔法少女奈叶A's）的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人，怀抱着彼此的友情牵绊、为了寻求各自的梦想实现而参加时空治理局，并以一流魔导师的身分活泼。　　在此当中，出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”（レリック），以及以此为目标而出现的谜样机械兵器“共鸣拓发者”（ガジェットドローン）。为了迅速对应日后被称为“圣遗晶石事件”的状况，八神疾风推敲到设置能够迅速对应的独立部队的必要性，设立了专责处理与太古遗产关连任务的特殊部队——“机动六课”。　　另一边，时间回溯到四年前。昴·中岛在遭到机场火灾卷入而几乎丧命之际，由于奈叶的出现而得救。因为神往著如同“自己幻想中的形象”一般的奈叶，昴在当晚的满天星空之下，做出了“成为治理局的魔导师”的决定。　　四年后，经过一番波折而顺利成为治理局的新进魔导师的昴，与练习校时代的伙伴蒂雅娜·兰斯特共同挑战魔导师的升格实验。于远处注目著两人考试的，分别是认定两人将成为“机动六课”的明日之星而投以留意的疾风与菲特、还有奈叶。在三人的注目之中，随着宣布实验开始的ReinForce II（统御之力zwei）的声音，拉开了“StrikerS”故事的序幕。