平凡小镇,生活在五口之家的普通小学生高町奈叶(田村由香里 配音)与好友月村铃鹿(清水爱 配音)和爱丽莎·巴尼斯(钉宫理惠 配音)过着无忧无虑的生活。这一日,她们有时发现一只类似水貂的动物尤诺·斯克莱亚(水桥香织 饰)。受伤的尤诺获得奈叶等人的救助,谁知接下来小镇便持续出现各种怪物。在尤诺的帮助下,奈叶利用Rising Heart变身成为魔法少女,击败了入侵的怪兽,并且得知关于能量结晶快Jewel Seed的机密以及自己的使命。此后的日子里,她为了成为合格的魔法少女背着好友们展开修行。这一晚,神秘魔法少女菲特·泰斯特罗莎(水树奈奈 配音)忽然出现,与奈叶展开鏖战。 她们之间的夙缘由此展开……