将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内研究，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！　　这时，纽约市中发生一连窜的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯意图征服纽约市，机密造就了一支远怪僻兽构成的军队，加上恶名昭彰的忍者组织Foot Clan，各种黑暗权势又在城市的角落里蠢蠢欲动！　　神龟们又处于备战状况了！他们再次结合起来，预备向黑暗权势出击！